「プレイ準備」ウィンドウの「オプション」から［操作設定ユーティリティー］を実行するとゲームコントローラー（ジョイパッド）のボタン設定を行なえます。

タクティカルRPGプレイヤー3で使用する5つのボタン［決定ボタン］［取消ボタン］［機能ボタン］［Lトリガー］［Rトリガー］を選択した状態でゲームコントローラーの該当ボタンを押すことで設定を行ないます。また、［テスト］を選択している状態でゲームコントローラーのボタンを押すと、正しく反応しているか確認できます。
※操作設定ユーティリティーでは複数のゲームコントローラーの設定を行なえますが、タクティカルRPGプレイヤー3で使用できるゲームコントローラーはリストで一番上に表示されるものだけです。
※ゲームコントローラーをつなぎかえた場合は必ず操作設定ユーティリティーを起動して再び設定を行なってください。つなぎかえただけでは正しく認識しない場合があります。

タクティカルRPGプレイヤー3では操作設定ユーティリティーで設定した5つのボタンと上下左右の方向キーを使用してゲームをプレイします。ゲーム内の主 な場面（バトルフィールドでの戦闘、世界地図上の移動、コマンドウィンドウでのコマンド選択）での操作方法は下の図にあるとおりです。

キーボードでの操作時は以下のキーが各ボタンに対応しています。
・方向：↑　↓　←　→
・決定ボタン：Enterキー
・取消ボタン：ESCキー　Shiftキー
・機能ボタン：CTRLキー　ALTキー　F6キー
・Lトリガー：F4キー
・Rトリガー：F5キー
なおマウスでの操作には対応していません。

オープニングなどに使用されている字幕シーンでは［Lトリガー］を押すことでそこまでに表示された字幕のログを表示することができます。ログは最大20行まで表示されます。

字幕の下に「▼」が表示されているときに［決定］を押すと次の字幕へ進みます。